En 1968, la Comisión Oceanográfica Intergubernamental (COI) de la UNESCO propuso un programa de investigación marina en la Cuenca del Caribe, llamado Programa de Investigaciones Cooperativas del Caribe y Regiones Adyacentes (CICAR). Colombia, reconociendo la importancia del programa, designó a la Armada Nacional para coordinar la participación nacional. Así, en 1969, bajo el gobierno de Carlos Lleras Restrepo, se creó la Comisión Colombiana de Oceanografía (CCO) mediante el Decreto 763.

En 1981, durante el gobierno de Julio César Turbay Ayala, la CCO fue reestructurada mediante el Decreto 413, estableciendo que los líderes de la Comisión serían designados por el Comandante de la Armada Nacional. En 1983, bajo el gobierno de Belisario Betancur, la CCO fue nuevamente reestructurada por el Decreto 415, creando el Consejo Nacional de Oceanografía como su máximo órgano.

Durante el gobierno de Andrés Pastrana Arango, el Decreto 347 de 2000 renombró la Comisión como Comisión Colombiana del Océano y le otorgó un marco legal para impulsar el desarrollo marítimo nacional. Este decreto estableció que la Comisión propondría la Política Nacional del Océano y de los Espacios Costeros.

En 2023, el Decreto 0210 modificó la composición de la Comisión, designando al Director del Departamento Administrativo de la Presidencia de la República como su presidente.